Conforme al actual decreto de funciones del Ministerio (Decreto 5012 de 28 de diciembre de 2009), el Viceministerio cuenta con dos direcciones y éstas, a su vez, tienen dos subdirecciones:

1. Dirección de Calidad para la Educación Superior
1.1 Subdirección de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior
1.2 Subdirección de Inspección y Vigilancia.

2. Dirección de Fomento de la Educación Superior
2.1 Subdirección de Apoyo a la Gestión de Instituciones de Educación Superior.
2.2 Subdirección de Desarrollo Sectorial para la Educación Superior.

Cada una de las direcciones y de las subdirecciones del Viceministerio de Educación Superior cumple las funciones específicas que señala el Decreto 1306 de 2009, y se constituyen en las dependencias administrativas en las que se realizan las diferentes acciones que el marco legal indica en lo relacionado con la aplicación de las estrategias y programas del Sistema de Aseguramiento de la Calidad, la realización de la función de inspección y vigilancia, el fomento y apoyo a la gestión de las instituciones de educación superior y a la realización de las estrategias que contribuyen a la incorporación, análisis y difusión de la información del sistema