El Área Financiera pone a disposición de la ciudadanía la información sobre el presupuesto anual asignado al Ministerio de Educación Nacional para la financiación de los proyectos de inversión, conforme con el plan de desarrollo para el sector educación. Así también, publica los informes de las transferencias de los recursos del Sistema General de Participaciones -SGP-entregados a las entidades territoriales, y las transferencias a las Universidades públicas. Igualmente, pone a disposición los pagos que realiza el MEN a sus contratistas y los estados contables que registran la situación económica y social del MEN.

Según el decreto 4675 de 2006 , que define la estructura del Ministerio de Educación Nacional, las siguientes son algunas de las funciones de la Subdirección de Gestión Financiera:

• Apoyar a la Oficina Asesora de Planeación y Finanzas en la preparación del anteproyecto de gastos de funcionamiento del presupuesto del Ministerio de Educación Nacional.
• Planear, coordinar y hacer seguimiento, con la Oficina Asesora de Planeación y Finanzas, el desarrollo de la ejecución del presupuesto del Ministerio de Educación Nacional.
• Efectuar la ejecución del presupuesto asignado al Ministerio de Educación Nacional, a través de la generación de compromisos y la programación de pagos con base en el Programa Anual mensualizado de Caja -PAC-.
• Efectuar la ejecución de los recursos de crédito de banca multilateral, a través de la generación de compromisos, obligaciones y la programación de pagos, realizados con base en el Programa Anual mensualizado de Caja - PAC-.
• Gestionar ante organismos de banca multilateral el desembolso de recursos de crédito externo, aprobados para la ejecución de programas y de acuerdo a la modalidad escogida, con el fin de realizar los pagos correspondientes durante la realización de las actividades planeadas.
• Gestionar ante la Dirección General de Crédito Público y del Tesoro Nacional del Ministerio de Hacienda y Crédito Público, las modificaciones al Programa Anual Mensualizado de Caja -PAC- que sean requeridas, previa justificación, estudio de viabilidad y definición de tipo de modificación, con el fin de cumplir con las obligaciones adquiridas previamente por el Ministerio.
• Reunir, consolidar y analizar la información referente a la ejecución de ingresos y gastos, con el fin de presentar los resultados de la gestión financiera al interior del Ministerio de Educación Nacional, a las entidades del sector, a los organismos de control y a aquellos organismos gubernamentales que lo requieran.
• Realizar los estudios pertinentes para dimensionar el volumen de recursos requeridos para financiar los gastos de funcionamiento del Ministerio de Educación Nacional.