El Presupuesto de funcionamiento. Corresponde al cálculo de los gastos que tienen por objeto atender las necesidades de cada una de las entidades del sector . El presupuesto de funcionamiento está constituido por las siguientes cuentas:

Gastos de Personal: En esta cuenta se programan los gastos requeridos para el pago de los salarios y prestaciones sociales del personal de planta de cada institución, así como los honorarios y servicios técnicos requeridos para adelantar actividades o cumplir obligaciones que no se pueden desarrollar dicho personal.

Gastos generales: Gastos relacionados con la adquisición de bienes y servicios necesarios para garantizar el buen funcionamiento de cada institución y con la provisión de recursos para el pago de impuestos y multas a las que haya lugar.

Transferencias: En esta cuenta se programan los recursos que la Nación debe transferir, a través de las entidades del sector educativo, a instituciones públicas o privadas en cumplimiento de la normatividad. Las transferencias más representativas son:

• El Sistema General de Participaciones: corresponde a los recursos que debe transferir la Nación a las entidades territoriales para la financiación de la educación, de acuerdo con los artículos 356 y 357 de la Constitución. El monto de esta transferencia equivale al 70% del total del presupuesto apropiado al Ministerio de Educación para la vigencia 2006, representando el rubro más importante dentro del presupuesto del sector. ( Ver más sobre el tema de transferencias para educación )
• Universidades Públicas: En cumplimiento de los artículos 86 y 87 de la Ley 30 de 1992, la Nación transfiere recursos equivalentes al 13% de la apropiación de recursos en el Ministerio de Educación, a las universidades públicas de carácter nacional o territorial.
  APORTES UNIVERSIDADES PUBLICAS - LEY 30 DE 1992, Artículos 86 y 87
• Fondo de prestaciones sociales del magisterio: Por este rubro se programan los recursos que la Nación debe transferir para el pago de los aportes patronales y prestacionales de los docentes a cargo del estado, vinculados por ley a dicho fondo. Representa e 15 % de la apropiación del MEN.