La universalidad del saber y la voluntad de ofrecer una formación integral capaz de mantener abierta la apropiación de conocimientos pertinentes, sin restricciones de tipo político, confesional o ideológico, fundamenta el principio de autonomía universitaria. La autonomía está asociada a la naturaleza del conocimiento. Es legítima allí donde se produce conocimiento socialmente relevante pues éste requiere de que no se recorte en modo alguno el ejercicio del pensamiento y de la crítica.

Los elementos de identidad de las instituciones de educación superior antes mencionados hacen parte, en forma más o menos explícita, de la misión de todas las instituciones. Pero cuando el universo de las instituciones se ha hecho tan complejo como hoy en día, se requieren precisiones mayores para identificar y reconocer los distintos tipos institucionales y para que los usuarios potenciales tengan el conocimiento mínimo necesario para elegir libremente entre ellas; no sólo en términos de recursos y posibilidades de desarrollo profesional, sino en términos de grandes propósitos filosóficos y sociales.

En anteriores documentos, el Consejo Nacional de Acreditación ha hecho referencia a estos aspectos institucionales fundamentales que son la misión y el proyecto institucional.

Toda institución humana requiere educar la mirada sobre sí misma, de modo que se propicie en ella la construcción de un sentido para la acción y una cierta conciencia de su pasado y de su futuro. En ese sentido y en esa conciencia se expresa la visión específica de la institución. Esta visión es una construcción mental de la institución, en la cual se integran los fines, la estructura y los procesos que le dan forma. Allí se recogen, para el caso de las instituciones de educación superior, las características de la población objeto de atención, el perfil propio de sus funciones (docencia, investigación, extensión o proyección social) y la cooperación internacional, el tipo de servicios que pretende ofrecer, la estructura de su gobierno y la manera de relacionarse con su entorno educativo y social. La misión hace explícita la visión; es un enunciado que expresa la identidad de la institución, su razón de ser. En ella se manifiesta de manera sintética lo que la institución debe hacer, lo que espera realizar en adelante y el campo y estilo de acción que ha venido asumiendo a lo largo de su historia. Específicamente, en la formulación de esta misión se incorpora la manera propia como una institución de educación superior asume su compromiso en cada una de las dimensiones básicas de su acción; por ello, tal misión ha de ser de dominio público y debe brindar claridad y seguridad a quienes se relacionan con ella; la misión debe ser distinguible, movilizadora y controvertible. Debe, en fin, propiciar el compromiso de los miembros de la comunidad académica con su institución.

La misión se concreta y se realiza en la práctica a través del proyecto institucional. El proyecto institucional expone de modo diferenciado los grandes propósitos y los fines contenidos en la misión y desarrolla las estrategias generales que han de seguirse para garantizar su cumplimiento. En el proyecto institucional se hacen explícitas las metas y objetivos que han de cumplirse para la realización de la misión institucional y de los fines formativos que se derivan de ella. El proyecto institucional determina el plan de trabajo que la institución se da a sí misma para el mediano y largo plazo; en este sentido, este proyecto puede estar expresado en un plan de desarrollo institucional. Un proyecto institucional bien formulado permite pensar la institución en su dinámica y en su historia, prefigura cuidadosamente su posible futuro y señala claramente su tarea social.

La misión y el proyecto institucional constituyen las referencias básicas para la identidad de la comunidad institucional, para la pertenencia de cada uno de los miembros de esa comunidad a la institución y para la definición de relaciones de cooperación entre ellos. Misión y proyecto institucional deben garantizar la coherencia entre las acciones y las metas y determinan el modo como los diferentes elementos se interrelacionan en el conjunto de la institución.

Las distintas misiones institucionales expresan las diferencias entre los tipos de instituciones y contribuyen a constituir la identidad de cada una de ellas. Las universidades, además de ofrecer programas en profesiones y disciplinas y de contar para ello con una sólida fundamentación en ciencias básicas y en ciencias sociales, deben demostrar sus realizaciones en el campo de la investigación. Esto significa que una universidad debe contar con grupos de investigadores reconocidos por la comunidad académica. El cumplimiento de este requisito en las universidades será especialmente exigente cuando se trate de ofrecer programas de maestría y doctorado. No están sometidas a las mismas exigencias las instituciones universitarias o las tecnológicas, cuyo énfasis fundamental es la formación en determinadas profesiones; pero, en cualquier caso, las últimas deben cumplir con los requisitos necesarios para formar profesionales de calidad. Consideraciones análogas pueden hacerse a propósito de las instituciones técnicas profesionales. La investigación tecnológica no está restringida a la universidad y debe realizarse también, en lo posible, en las instituciones tecnológicas. Sin embargo, el nivel de exigencia de esta tarea deberá ser mayor en las universidades.