A partir del 1 de agosto del 2009, el proceso de evaluación y acreditación de maestrías y doctorados se iniciará igual que en el caso de los programas de pregrado. Es decir, el proceso se inicia por medio de una expresión de interés de participar en este sistema dirigida al CNA. En seguimiento a esto, el programa de maestría o de doctorado debe preparar un Informe de Autoevaluación, sobre la base de los Lineamientos para la Acreditación de Alta Calidad de Maestrías y Doctorados. En los próximos meses se elaborarán las Guías para la Preparación del Informe de Autoeavaluación de Maestrías y Doctorados, siguiendo el cronograma establecido.

Una vez que se reciba el Informe de Autoevaluación, el CNA asignará dos pares para la evaluación externa del programa. En el caso de los doctorados, siempre habrá un par internacional que participará en el equipo de pares externos. El CNA igualmente preparará las Guías para la Preparación de los Informes de Pares Externos, complementando los lineamientos que ya están disponibles.

Siguiendo la modalidad del CNA, el programa tendrá ocasión de conocer el Informe de los Pares Externos con el fin de poder comentar sobre el mismo por medio de los Comentarios del Rector. Sobre esta base, el CNA procederá a realizar la evaluación final del programa, sobre la base del Informe de Autoevaluación, el Informe de los Pares Externos y de los Comentarios del Rector. Sobre esta base el Consejo Nacional de Acreditación emitirá un concepto sobre el programa, recomendando su acreditación al Ministerio de Educación Nacional. El Ministerio de Educación expedirá la respectiva Resolución de Acreditación.