"La acreditación es el acto por el cual el Estado adopta y hace público el reconocimiento que los pares académicos hacen de la comprobación que efectúa una institución sobre la calidad de sus programas académicos, su organización y funcionamiento y el cumplimiento de su función social", CNA 2006. Para este caso al referirse a la "comprobación de la calidad de los programas académicos", alude directamente a las propuestas formativas de las maestrías y de los doctorados.

La acreditación de las maestrías y de los doctorados, al igual que la de las Instituciones de Educación Superior y de los programas de pregrado, tiene carácter temporal. Se requiere una comprobación periódica ante pares, nombrados por el CNA, de la calidad y de la capacidad de autorregulación para continuar gozando de la acreditación.

El proceso de autoevaluación debe tener como punto de partida la realización de la misión institucional, por parte del programa de maestría y de doctorado, y de su propio proyecto educativo.

Optar por la acreditación de los programas de maestría y de doctorado es también un proceso voluntario, es una decisión que la institución y el programa toman en ejercicio de su autonomía y en desarrollo de la cultura de la evaluación, el mejoramiento continuo y su capacidad de autorregulación. Este carácter voluntario introduce una diferencia sustancial con los procesos de registro calificado, proceso que es obligatorio, realización del mandato de la suprema inspección y vigilancia, mecanismo para la autorización de funcionamiento de los programas, mediante la constatación del cumplimiento de los requisitos básicos de calidad, definidos por el Gobierno Nacional.

La Acreditación de Alta Calidad es un proceso eminentemente académico, constituyéndose como un mecanismo para la búsqueda continua de mayores niveles de calidad. Dicha herramienta se enmarca en las políticas estatales e institucionales de 'Fomento de la Calidad'.

El proceso de acreditación de los programas de maestría y doctorado mantiene los mismos componentes que los procesos de acreditación de Instituciones de Educación Superior y programas de pregrado:

• La autoevaluación que es realizada por la propia institución mediante el uso de guías coherentes con los criterios y características de calidad definidas por el CNA y teniendo como punto de partida la correspondencia del programa con definición hecha por la propia institución sobre su naturaleza, misión y proyecto educativo.
• La evaluación externa que es hecha por los Pares Académicos nombrados por el CNA. Esta evaluación se lleva a cabo mediante visita a la institución y al programa, en condiciones normales de funcionamiento, para validar el diseño, desarrollo y resultados de la autoevaluación y producir el juicio de los pares sobre la calidad del programa y recomendaciones para su mantenimiento y mejoramiento.
• La respuesta de la institución que ha sometido su programa al proceso de acreditación, frente al informe de la evaluación externa y a las recomendaciones en él formuladas.
• La recomendación final: "el concepto técnico emitido por el CNA al Ministerio de Educación Nacional, para la expedición del acto de acreditación", CNA Lineamientos, 1996; tomando en consideración los tres anteriores aportes.
• El acto de acreditación que le corresponde al Ministerio de Educación Nacional.