La acreditación, según la Ley, está orientada en última instancia hacia las instituciones como un todo. Sin embargo, por razones técnicas y prácticas, y de acuerdo con las políticas trazadas por el Consejo Nacional de Educación Superior (Cesu), el proceso de acreditación se iniciará por programas académicos conducentes a título de pregrado.

Una institución solamente podrá utilizar el calificativo de acreditada en relación con los programas que tenga acreditados, a menos que haya culminado satisfactoriamente el proceso de acreditación institucional. La acreditación de programas no conduce automáticamente a la acreditación institucional; ésta última se concibe como un acto separado y autónomo que, no obstante, implicará la acreditación previa de programas de la institución y podrá apoyarse en ella.