Hasta el año 2008 el ejercicio de auditoría se realizaba solamente con un grupo de estudiantes seleccionados mediante muestra focalizada y el objetivo principal del proceso de auditoría se centraba exclusivamente en la verificación presencial o documental de la existencia de los estudiantes reportados por las entidades territoriales a través del Sistema de Información de Matrícula. Por lo tanto, los resultados que arrojaba este proceso permitían solamente tener una idea del volumen de hallazgos (niños inexistentes con respecto a lo reportado) encontrados en la muestra verificada en campo, que debían ser descontados tanto para efectos estadísticos como para la asignación de los recursos del Sistema General de Participaciones.

Teniendo en cuenta lo anterior, en aras de fortalecer el proceso y garantizar los resultados esperados para el MEN, a partir del año 2009 se solicitó ajustar la metodología de auditoría, pasando de una verificación mediante muestras focalizadas a una auditoría de tipo censal donde se garantice la verificación y levantamiento de la información del ciento por ciento de los estudiantes atendidos en cada entidad territorial objeto de auditoría.

La metodología censal que se propuso para el proceso de auditoría 2009, 2010 y 2011, que se expande a las 94 entes territoriales para el año 2012, implica la ejecución de actividades adicionales por parte de las firmas auditoras y tiene como objetivo, además de garantizar una asignación eficiente de los recursos del SGP, fortalecer los procesos de recolección de información.

Esta metodología propone además de la simple verificación de la existencia o no de los estudiantes, de la planta de personal docente (docentes, directivos docentes y administrativos) y de la información consignada en el Directorio Único de Establecimientos Educativos DUE, la verificación y levantamiento de un conjunto de variables básicas en el sistema educativo para cada una de las 94 entidades territoriales, así como también el registro de los alumnos, personal docente, directivo docente y administrativo y sedes educativas nuevas encontradas en campo y que no se encuentran reportados en los sistemas de información que administra el MEN.