Manejo conocimientos propios de las ciencias naturales (segunda columna) está conformado por tres subcolumnas, en las cuales se presentan las acciones de pensamiento y de producción de conocimiento propias de las ciencias naturales, y las conexiones entre las diferentes disciplinas que las constituyen. Estas conexiones se logran a partir de tres ejes básicos:

1. Entorno vivo, que hace referencia a las competencias específicas que permiten la conexión de la biología, la química y la física para entender la vida, los organismos vivos, sus interacciones y transformaciones.
2. Entorno físico, que consigna las competencias específicas que permiten la conexión de la biología, la química, la física y la geografía para entender el entorno en el que viven los organismos, las transformaciones de la materia y las interacciones que se establecen entre los objetos y los organismos presentes en el entorno.
3. Ciencia, tecnología y sociedad, que hace referencia a las competencias específicas que permiten la comprensión de los aportes de las ciencias naturales a la mejora de la vida humana individual y de las comunidades, así como al análisis de los peligros que pueden originar los avances científicos.